Una vez que hemos elegido el fondo de nuestro acuario, es cuando comienza el verdadero trabajo de decoración. Hay que añadir a este acuario elementos que lo hagan agradable visualmente para nosotros y atractivo para vivir para nuestros peces. Hay tres grupos de elementos principales para la decoración de los acuarios de agua dulce: piedras, troncos y plantas.


Los acuarios de agua marina presentan diferencias en lo que respecta a los materiales a emplear. No se pueden emplear plantas (no sobreviven en el agua salada), ni madera puesto que el agua salada la destruye, ni un material al que los peces de agua marina no estén acostumbrados. En cambio pueden emplearse corales y "rocas vivas" en la decoración, elementos que no pueden utilizarse en los acuarios de agua dulce. Pese a que se ha intentado introducir como material de decoración para los acuarios de agua marina las algas, estas no se han implantado con fuerza en el mundo de la acuariofilia.
Rocas: Solamente empleando rocas de distintas formas y colores, podemos crear un magnífico efecto estético, aun cuando no llegásemos a introducir plantas. El empleo de piedras y madera es la única opción decorativa en los acuarios de cíclidos africanos, que desentierran y/o se comen las plantas, y en verdad se pueden conseguir maravillas únicamente con estos materiales. El uso de rocas en el acuario no tiene ninguna complicación ni peligro si se respetan ciertas normas básicas. En primer lugar hay que elegir las rocas adecuadas para la decoración; las podemos recoger directamente del campo, pero atendiendo a ciertos detalles. Primeramente evitemos las rocas con colores muy vivos como de la peste. Este tipo de rocas suelen deber su color a la presencia de metales pesados en su composición, metales pesados que pueden liberarse en el agua de nuestro acuario y matar a nuestros peces.


En segundo lugar, hay que elegir rocas cuya composición no sea caliza o calcárea. Estas rocas van solubilizándose muy lentamente en el agua de nuestros acuarios, especialmente si es de PH ácido, liberando carbonato de calcio y otras substancias, que provocan cambios drásticos en su dureza y consecuentemente, en su PH. Estos cambios pueden fácilmente matar a todos nuestros peces o volvernos locos intentando controlar los parámetros químicos del agua.
Existe una prueba bastante simple, aunque no infalible, para determinar si una rocas es calcárea. Basta con unas gotas de ácido clorhídrico (se encuentra en las tiendas bajo la denominación de salfumán o agua fuerte) y echarlas sobre la piedra en cuestión, si se produce efervescencia es calcárea y por tanto no válida, si no hay efervescencia a priori se podría decir que no es calcárea, aunque esto puede no ser así (no se vio la efervescencia o era muy débil). Una vez que tengamos ya las piedras que vamos a emplear en la decoración hay que prepararlas antes de introducirlas en el acuario. Para ello las lavaremos abundantemente con agua y las cepillaremos con un cepillo de cerdas duras para retirar todos los restos de tierra.
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